מהו קובץ אינדקס BAM?

2024 מְחַבֵּר: Lynn Donovan | [email protected]. שונה לאחרונה: 2023-12-15 23:47

א קובץ BAM (. באם ) היא הגרסה הבינארית של SAM קוֹבֶץ . SAM קוֹבֶץ (. sam) הוא טקסט מופרד בטאבים קוֹבֶץ שמכיל נתוני יישור רצף. יצירת אינדקס : IGV דורש שגם SAM וגם קבצי BAM להיות ממוין לפי מיקום ו באינדקס , וכי ה קבצי אינדקס פעל לפי מוסכמות שמות ספציפית.

כמו כן, אנשים שואלים, איך אני פותח קובץ BAM?

מ ה קוֹבֶץ תפריט לבחור לִפְתוֹחַ ובחר קבצי BAM מהצד השמאלי. לחצן בחירה בצד ימין שאומר הוסף א קובץ BAM . נווט אל BAM מִבְחָן קבצים תיקיה שהורדת בחר with_index_with_graph. נְקִישָׁה לִפְתוֹחַ , בחר מפה.

שנית, איך אני ממיר קובץ BAM ל-Fastq? להלן השלבים להמרת קובץ BAM לפורמט FASTQ. זה יעבוד על לינוקס וידרוש SAMTOOLS ו-BEDTOOLS

1. הורד את SAMTOOLS.
2. חלץ באמצעות Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
3. זה יצור תיקיה בשם samtools-version.
4. עבור לספרייה cd samtools-version.

באופן דומה, כיצד אוכל להמיר קובץ BAM לקובץ SAM?

ל להמיר SAM ל BAM , אנו משתמשים בפקודה תצוגה samtools. עלינו לציין שהקלט שלנו הוא ב פורמט SAM (כברירת מחדל הוא מצפה BAM ) באמצעות האפשרות -S. עלינו גם לומר שאנו רוצים שהפלט יהיה BAM (כברירת מחדל הוא מייצר BAM ) עם האפשרות -b.

מה עושה תצוגת Samtools?

Samtools הוא קבוצה של כלי עזר המטפלים ביישורים בפורמט BAM. הוא מייבא ויוצא לפורמט SAM (יישור רצף/מפה), עושה מיון, מיזוג ואינדקס, ומאפשר לאחזר קריאות בכל אזור במהירות. Samtools מיועד לעבוד על זרם.